getResource

Почему плохо все ресурсы модуля складывать в корень?

Не дай бог, но вдруг ваш модуль будет использован вместе с ещё каким-то модулем и, не дай бог, он спроектирован также. Стандартный ClassLoader без наворотов на запрос getResource("some_resource") схватит первый попавшийся (скорее всего в порядке загрузки jar-ников) ресурс и отдаст его вам. Чем это чревато решать вам, но ведь не зря же придумали package.